Les cours d’eau revêtent une importance vitale pour de nombreuses espèces et habitats. Malheureusement, les cours d’eau suisses souffrent de l’urbanisation, de l’intensification de l’agriculture, et des infrastructures de protection contre les inondations et hydroélectriques.
La Suisse a certes fait des progrès dans la restauration des cours d’eau et la réduction des impacts des infrastructures hydroélectriques, mais il reste encore beaucoup à faire. À l’heure actuelle, plus de 90% des zones alluviales ont disparu, et 60% des poissons et espèces de plantes aquatiques figurent sur la Liste rouge de l’UICN.